Cũng như các loại quả khác, táo Fujji sau thu hoạch sẽ tiếp tục trao đổi chất, tạo ra etylen khi chín. Sau khi thu hoạch, táo sẽ phải trải qua rất nhiều công đoạn xử lý nghiêm ngặt trước khi được đưa đi bảo quản, tiêu thụ hay xuất khẩu. Táo ở Trung Quốc thường được thu hoạch từ tháng 9-10 hàng năm. Suốt thời gian này, do nhiệt độ tương đối cao, vì thế đa số sản phẩm phải được làm lạnh sơ bộ sớm nhất bằng cách dựa vào thời tiết lạnh tự nhiên vào ban đêm ở hầu hết các vùng trồng táo. Sau đó táo sẽ trải qua công đoạn rất quan trọng là xử lý hóa chất bằng cách nhúng rửa sạch quả bằng các loại hóa chất. Việc nhúng rửa táo như vậy có thể làm giảm tác động của các loại bệnh thông thường và cải thiện vỏ ngoài của táo (như độ săn chắc, màu sắc đẹp hơn). Sau khi xử lý hóa chất, táo sẽ được phân loại kỹ dựa trên 4 tiêu chí gồm màu sắc, kích cỡ, thiệt hại cơ khí, sâu bệnh và sâu hại. Phân loại xong, những lô táo đảm bảo đủ các điều kiện để dự trữ bảo quản, sẽ tiếp tục phải trải qua một công đoạn xử lý hóa chất khác, đó là quá trình rửa và đánh bóng.

Rửa và đánh bóng có tác dụng làm sạch và khử trùng táo trước quá trình vận chuyển và lưu trữ. Quá trình đánh bóng táo có thể hạn chế việc mất nước và mất trọng lượng của quả suốt quá trình vận chuyển và bảo quản, đồng thời có thể làm tăng độ bóng bề mặt quả. Công việc này thường được thực hiện bằng rất nhiều các loại máy chuyên dụng. Kết thúc các quá trình xử lý hóa chất, táo sẽ được đóng gói bằng cách dùng các loại giấy bọc có chứa Difenilamin (C6H5)2NH, một chất chống oxy hóa, giúp bảo vệ vỏ táo hoặc Ethoxyquin để bọc bên ngoài quả. Trước khi vận chuyển đi bảo quản hoặc tiêu thụ nội địa, táo chủ yếu được chứa trong những thùng các-tông. Đối với táo đóng gói xuất khẩu, thường được chứa trong các thùng các-tông làm bằng bìa lót, có làn sóng độ bền cao.

Táo ở Trung Quốc sau khi trải qua các công đoạn xử lý hóa chất như trên, được bảo quản bằng nhiều cách, thời gian có thể kéo dài tới nửa năm mà quả táo vẫn được giữ nguyên chất lượng. Cách bảo quản táo thông dụng nhất tại các vùng trồng táo phía Bắc Trung Quốc bằng cách người ta thường đào các hầm để chứa táo. Trước khi xếp táo vào hầm, người ta thường rải dưới đấy hầm một lớp cát ướt dày, sau đó táo được xếp vào hầm với độ dày khoảng 33–67 cm. Phía trên hầm, thường được phủ bằng các tấm chiếu làm từ cây sậy hoặc rơm để duy trì và kiểm soát nhiệt độ trong hầm. Mặc dù hầm bảo quản khá đơn giản, nhưng bảo quản rất hiệu quả.

Thời gian bảo quản táo trong hầm có thể duy trì được tới 5 tháng. Phương pháp này thường áp dụng đối với táo chín muộn. Tại các vùng trồng táo ở cao nguyên hoàng thổ Trung Quốc như Thiểm Tây và Sơn Tây, thông thường, bảo quản bằng lò nung đối với táo mới thu hoạch thường bắt đầu vào mùa thu và kết thúc vào mùa xuân, hoặc thậm chí là mùa hè. Tại các vùng trồng táo phía Nam Trung Quốc, do nhiệt độ tự nhiên thường rất cao nên táo thường được lưu trữ trong các kho lạnh. Phương pháp bảo quản này có thể giữ táo tươi trong hơn 6 tháng. Ngoài ra, táo ở Trung Quốc còn được bảo quản táo bằng phương pháp kiểm soát không khí hoặc bảo quản đóng gói trong túi nhựa... nhưng do giá thành cao nên chỉ dành cho các loại táo xuất khẩu.

Ngày nay, việc xử lý và bảo quản táo và nhiều loại hoa quả sau thu hoạch thường được kết hợp nhiều phương pháp như: Bọc túi nhựa bảo quản lù nung; bọc túi nhựa bảo quản kho lạnh; bảo quản lạnh kết hợp xử lý hóa chất. Bằng những phương pháp kết hợp này, việc bảo quản hoa quả có thể kéo dài trung bình 5-6 tháng, thậm chí có thể kéo dài 8 tháng, với tỉ lệ hư hỏng rất thấp, chất lượng dinh dưỡng hoa quả vẫn cơ bản được giữ nguyên.[13] Một trong những lý do để quả táo đảm bảo chất lượng trong quá trình vận chuyển là "chiếc áo khoác" mỏng sáp tự nhiên bảo quản quả táo. Táo tươi sau khi thu hoạch được rửa sạch trên dây chuyền công nghiệp hiện đại để loại bỏ bụi, sau đó mỗi quả táo được phủ bóng bằng một lớp sáp ong tự nhiên để bảo vệ táo khỏi vi khuẩn.[9]

Về lý thuyết chung là như vậy tuy nhiên trên thực tế, nhiều hộ sản xuất táo ở Trung Quốc lại thực hiện việc sản xuất và bảo quản bằng những phương pháp độc hại hơn nhiều và gây ảnh hưởng đến chất lượng táo và quan trọng là ảnh hưởng đến sức khỏe người tiêu dùng. Cụ thể là: Tại Trung Quốc, áo Fuji xuất xứ từ Yên Đài, Sơn Đông và Thê Hà và Chiêu Viễn (Sơn Đông) được trồng bằng phương pháp ủ bọc nhựa tẩm bột có hại cho sức khỏe người dùng, hầu hết nông dân trồng táo đều sử dụng một loại túi tẩm thuốc trừ sâu cấm sử dụng để bọc trái táo từ khi còn xanh. Chất bột trong các bọc nhựa khi trồng táo chính là thiram (một loại thuốc diệt nấm độc hại) và melarsoprol (hợp chất hữu cơ độc hại chứa arsen) hay đó chính là một loại thuốc diệt nấm độc hại và asen - thạch tín. Một cơ quan chức năng địa phương đã tịch thu 200 triệu túi nhựa độc hại và ra lệnh cấm sử dụng phương pháp ủ trái cây này, tuy nhiên một lượng lớn các túi nhựa như thế vẫn đang được sản xuất và cung ứng cho các nông trại trồng táo.[4]

Trung Quốc được sử dụng túi tẩm thuốc sâu để bọc táo từ nhỏ cho tới lúc chín khiến nhiều người lo ngại về tính an toàn khi sử dụng loại trái cây này,[15] Việc sử dụng túi tẩm thuốc sâu để bọc táo từ nhỏ cho tới lúc chín thông qua những chiếc túi có màu vàng nhạt được làm bằng giấy tái chế, bên trong bám đầy những hạt bột trắng, đó chính là thuốc trừ sâu tiếp xúc trực tiếp với quả táo từ lúc còn non. Người dân trồng táo khi buộc túi đều phải dùng găng tay và khẩu trang, nếu không muốn mình bị ngộ độc. Những trái táo sau khi được bọc túi thuốc sâu, khi chín rất đẹp mã và không có dấu hiệu nào của nấm mốc nên bán được giá rất cao.[16] Ngoài ra, táo Trung Quốc còn được bảo quản bằng phương pháp độc hại khác đó là được bảo quản bằng sáp nến công nghiệp như vậy có thể để cả nửa năm mà không bị hư, thối. Ngoài việc giúp cho trái táo có mã đẹp, tươi sáng và láng mượt việc bôi sáp nên còn giúp táo bảo quản được lâu hơn. Những trái táo được bảo quản bằng sáp nến công nghiệp như vậy có thể để cả nửa năm mà không bị hư thối.[17]